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InfiniPath User Guide
Version 2.0
Page vi IB6054601-00 D
Q
2.10 Performance and Management Tips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-17
2.10.1 Remove Unneeded Services . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-17
2.10.2 Disable Powersaving Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-18
2.10.3 Balanced Processor Power . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-19
2.10.4 SDP Module Parameters for Best Performance . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-19
2.10.5 CPU Affinity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-19
2.10.6 Hyper-Threading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20
2.10.7 Homogeneous Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20
2.11 Customer Acceptance Utility. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-22
Section 3 Using InfiniPath MPI
3.1 InfiniPath MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1
3.2 Other MPI Implementations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1
3.3 Getting Started with MPI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1
3.3.1 An Example C Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2
3.3.2 Examples Using Other Languages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-3
3.4 Configuring MPI Programs for InfiniPath MPI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-4
3.5 InfiniPath MPI Details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5
3.5.1 Configuring for ssh Using ssh-agent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5
3.5.2 Compiling and Linking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-7
3.5.3 To Use Another Compiler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-8
3.5.3.1 Compiler and Linker Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-9
3.5.4 Cross-compilation Issues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-9
3.5.5 Running MPI Programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-10
3.5.6 The mpihosts File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11
3.5.7 Console I/O in MPI Programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-12
3.5.8 Environment for Node Programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-12
3.5.8.1 Environment for Multiple Versions of InfiniPath or MPI . . . . . . . . . . 3-13
3.5.9 Multiprocessor Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-14
3.5.10 mpirun Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-14
3.6 Using Other MPI Implementations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-17
3.7 MPI Over uDAPL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-17
3.8 MPD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-17
3.8.1 MPD Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18
3.8.2 Using MPD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18
3.9 File I/O in MPI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18
3.9.1 Linux File I/O in MPI Programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18
3.9.2 MPI-IO with ROMIO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-19
3.10 InfiniPath MPI and Hybrid MPI/OpenMP Applications . . . . . . . . . . . . . . . 3-19